Program Studi Peternakan merupakan bagian yang tak terpisahkan dari Fakultas Peternakan. Pada awal berdirinya Fakultas Peternakan memiliki 2 jurussan/program studi yakni Nutrisi dan Makanan Ternak dan Produksi Peternakan.

Berdasarkan SK. Dirjen Dikti No.163/DIKTI/Kep/2007 tanggal 29 November 2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi Pada Perguruan Tinggi bahwa program studi-program studi lama pada Fakultas Peternakan se Indonesia termasuk Fakultas Peternakan Universitas Nusa Cendana yaitu Jurusan Produksi Ternak dan Jurusan Nutrisi dan Makanan Ternak digabung dengan nama Program Studi Peternakan.   Oleh karena itu, sejak Tahun Ajaran 2009/2010 Fapet Undana menghentikan penerimaan mahasiswa baru untuk kedua jurusan, dan mulai menerima mahasiswa baru untuk Program Studi Peternakan (Prodi Peternakan), dengan jumlah mahasiswa semester I tahun pertama sebanyak 189 orang. Untuk mahasiswa lama (semester III ke atas) yang masih terdaftar pada kedua jurusan, terus melanjutkan proses belajar mengajar sampai dengan selesai/menamatkan studi S-1 nya pada masing-masing jurusan.

Pada tahun 2013, Prodi Peternakan mengusulkan Borang Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dan berhasil memperoleh predikat B dengan masa berlaku 5 tahun (21 September 2013 s/d 21 September 2018). Sebelum akhir masa akreditasi ini Prodi Peternakan bertekad untuk meningkatkan peringkat akreditasi BAN-PT sehingga pada akhir tahun 2016 pengusulan BAN-PT kedua dilakukan dan berhasil memperoleh predikat A dengan masa berlaku 5 tahun (21 Maret 2017 s/d 21 Maret 2022)